Registry tool in silico

Program docking molekuler open-source yang cepat dan populer.

Validasi protokol dengan redocking (RMSD < 2 Å) sebelum docking senyawa uji. Catat exhaustiveness & seed.

GUI untuk preparasi reseptor/ligan & pembuatan grid box.

Simpan koordinat & ukuran grid box agar reprodusibel.

Antarmuka virtual screening yang membungkus AutoDock Vina.

Cocok untuk docking batch skala menengah.

Paket simulasi dinamika molekuler berkinerja tinggi.

Dokumentasikan force field, model air, ensemble, timestep, dan durasi (ns).

Suite MD dengan AmberTools (gratis) & core berbayar.

AmberTools gratis untuk preparasi & analisis; core MD berlisensi.

Server web untuk membangun sistem simulasi (membran, solvasi).

Simpan input yang dihasilkan sebagai arsip reprodusibilitas.

Perhitungan MM/PBSA-GBSA dari lintasan GROMACS.

Laporkan rentang frame, metode PB/GB, dan dielektrik.

Visualisasi molekuler untuk pose, interaksi, dan gambar publikasi.

Tersedia versi open-source; edu-license untuk fitur incentive.

Visualisasi & analisis lintasan MD.

Bagus untuk membuat movie lintasan MD.

Visualizer gratis untuk analisis interaksi 2D/3D.

Diagram interaksi 2D-nya sering dipakai di manuskrip.

Suite komersial (Glide, Desmond, dll) untuk pemodelan molekuler.

Tersedia lisensi akademik tertentu; cek ketersediaan kampus.

Prediksi drug-likeness & farmakokinetik berbasis web.

BOILED-Egg berguna untuk absorpsi GI & BBB.

Prediksi properti ADMET berbasis graph-signature.

Masukkan SMILES kanonik; catat versi & tanggal akses.

Prediksi ADMET & toksisitas komprehensif.

Bandingkan dengan prediktor lain untuk konsistensi.

Prediksi toksisitas oral & endpoint toksikologi.

Berguna untuk prediksi LD50 & kelas toksisitas.

Platform visualisasi & analisis jaringan biologis.

Plugin cytoHubba untuk identifikasi hub gene.

Database & tool interaksi protein-protein (PPI).

Tetapkan confidence score (mis. 0.4/0.7) dan catat.

Analisis pengayaan fungsional (GO, KEGG).

Catat versi database; hasil dapat berubah antar update.

Analisis anotasi & pengayaan gen terintegrasi.

Bagus untuk analisis multi-list gen.

Prediksi target protein untuk molekul kecil.

Perhatikan spesies (human) & ambang probabilitas.

Konversi format kimia & manipulasi molekul.

Gunakan --gen3d untuk membangun koordinat 3D ligan.

Toolkit cheminformatics untuk deskriptor, fingerprint, filter.

Ideal untuk pipeline QSAR reprodusibel via Python.

Perhitungan deskriptor molekuler & fingerprint.

Catat set deskriptor yang dipilih untuk reprodusibilitas.

Pemodelan struktur protein berbasis homologi.

Gratis untuk akademik dengan lisensi; catat template & DOPE score.

Server homology modeling otomatis.

Perhatikan GMQE/QMEAN untuk kualitas model.

Pencarian kesamaan sekuens.

Catat program, E-value cutoff, dan database.

Multiple sequence alignment.

Simpan file alignment (.aln/.fasta) sebagai lampiran.

Analisis evolusi & filogenetik molekuler.

Laporkan metode pohon, model substitusi, & bootstrap.

Analisis ekspresi gen diferensial (R/Bioconductor).

Tetapkan ambang log2FC & p-adj serta catat versi paket.

Analisis pengayaan fungsional di R.

Reprodusibel & mendukung GSEA + KEGG/GO.

Simulasi & analisis model biokimia (SBML).

Ekspor model dalam format SBML untuk berbagi.

Docking berbasis informasi (protein-protein/peptida).

Gunakan restraint dari data biokimia bila tersedia.

Server docking peptida-protein cepat.

Cocok untuk peptida fleksibel; catat model & skor.